科学家利用梦幻的睫毛DNA，制造出史上最强宝可梦——超梦。超梦醒来后得知自己是“人造物”，愤怒毁灭了实验室，隐居孤岛，克隆了包括梦幻在内的多只宝可梦，向人类发出挑战书。小智、皮卡丘及一众训练家受邀来到孤岛。超梦宣称要证明克隆宝可梦强于原版。一场场对战，小智发现超梦并非邪恶，而是极度孤独与迷茫。最后，当超梦的克隆梦幻与真正的梦幻对波时，小智冲进两道能量束之间，被石化。皮卡丘的眼泪落在小智身上，所有宝可梦的眼泪汇聚，让小智复活（实际上是原版与克隆宝可梦共同的悲伤产生了奇迹）。超梦被震撼，他问梦幻：“我是谁？”梦幻没有回答，只是轻轻碰了碰他的额头。超梦带上所有克隆宝可梦，飞向远方。片尾彩蛋，超梦对镜头说：“我也有生存的权利，对吧？”
宝可梦系列最具哲学深度的剧场版。超梦的自我身份认同拷问，让所有观众都背脊发凉。克隆与原版的战斗场面华丽且充满象征意义。小智石化的场景成为无数人的童年泪点。结尾没有和解，只有离开，反而让主题更加深刻。一部披着子供向外衣的存在主义寓言。
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